El final de la fase de investigación concluye con el mandato establecido en el apartado 4º del art. 779. Pese a lo sintético del precepto, no se está ante un mero acto de impulso procesal sino que debe cumplir con unas necesarias exigencias de motivación e individualización de conductas como adecuado filtro procesal para la preparación del juicio oral o para su evitación si éste fuera innecesario.
El contenido del Auto de incoación es, y ha sido, objeto de interpretaciones jurisprudenciales contradictorias, en las que inicialmente se equiparaba (en cuanto a su contenido mínimo exigible) al equivalente procesal del Auto de procesamiento en el sumario ordinario (Sentencia del Tribunal Supremo de 3 de mayo de 1999), si bien posteriormente se ha matizado por la propia Sala Penal, estableciendo la Sentencia de 2 julio 1999 que "no puede configurarse como una calificación acusatoria anticipada, ni siquiera como un auto de procesamiento, inexistente en el procedimiento abreviado".
Hoy, la doctrina del Tribunal Supremo lo define como "el equivalente procesal del auto de procesamiento en el sumario ordinario", teniendo la finalidad de fijar la legitimación pasiva así como el objeto del proceso penal, en la medida en que como se indica en la STC 186/1990 de 15 noviembre: "….realiza (el instructor) una valoración jurídica tanto de los hechos como sobre la imputación objetiva de los mismos…". En definitiva, al igual que en el auto de procesamiento, se está en presencia de un acto de imputación formal efectuado por el Juez Instructor exteriorizador de un juicio de probabilidad de naturaleza incriminatoria y delimitador del ámbito objetivo y subjetivo del proceso. Se trata, en definitiva, de un filtro procesal que evita acusaciones sorpresivas o infundadas en la medida que sólo contra quienes aparezcan previamente imputados por los hechos recogidos en dicho auto se podrán dirigir la acusación, limitando de esta manera los efectos perniciosos que tiene la "pena de banquillo" que conlleva, por sí sola, la apertura de juicio oral contra toda persona. Desarrolla por tanto una doble finalidad, delimitando el objeto del proceso y los sujetos del mismo que tiene el auto de transformación.
En consecuencia, y en cuanto constituye la expresión de un juicio de imputación formal efectuado por el Juez de Instrucción, exteriorizador de un juicio de probabilidad de una responsabilidad penal, debe asentarse en suficientes indicios inculpatorios, lo que conlleva e implica la necesidad de una adecuada motivación e individualización de conductas, cuando son varios los investigados, en la que el Juez manifieste qué conductas concretas o intervención se imputa a los presuntos intervinientes, con independencia de su valoración o calificación jurídica que, en definitiva, corresponde a la acusación, y en qué fundamenta indiciariamente las mismas.
Exigencias de motivación e individualización de conductas que, conforme el Tribunal Constitucional, en Sentencia nº 157/2003, de 15 septiembre, se ve satisfecha cuando expresa las razones que permiten conocer los criterios jurídicos que determinan la decisión adoptada, "es decir, se trata de conocer las reflexiones que han conducido a la decisión judicial como factor de racionalidad en el ejercicio de la potestad jurisdiccional, de modo que se pueda comprobar que aquél no es un simple y arbitrario acto de voluntad del juzgador sino una decisión razonada en términos de Derecho, posibilitando asimismo el convencimiento de las partes del proceso respecto de la corrección jurídica de la decisión y, en su caso, permitiendo a aquéllas discutir adecuadamente, a través de los medios de impugnación establecidos, tal corrección, mediante la exposición de las razones que, a su vez, pretendan desvirtuar las sostenidas por el órgano judicial y, en fin, permitiendo también que los órganos judiciales que conozcan de tales medios de impugnación puedan desarrollar adecuadamente su labor de comprobación de la corrección jurídica de la decisión judicial impugnada, mediante el conocimiento y análisis de las razones que han determinado la misma, en definitiva, comprobar la concordancia de las razones dadas por el órgano judicial con los fines de la norma aplicada".
La ausencia de concreción e individualización de las conductas, del juicio de probabilidad que menciona la doctrina, es incardinable en el defecto procesal de falta de motivación, lo que infringe el derecho tutelar a la defensa del inculpado (art. 24.1 CE), quien desconoce las razones o motivos que toma en consideración el Juez para su inclusión en el Auto, lo que implica una indudable indefensión real y material proscrita por la Constitución, que deberá conllevar su declaración de nulidad.
Sentada la consecuencia procesal, sigue ocurriendo con excesiva frecuencia, que este Auto sea la reacción a la petición del Ministerio Fiscal en la que el Juez sin sopesar ni filtrar los juicios de valor que sustentan la pretensión del Ministerio Público traslada al Auto sin más el contenido acusatorio, pese a la exigencia de la necesaria valoración de conductas al objeto de comprobar que alcanzan la suficiencia indiciaria para someter a determinada persona a la penalidad de juicio público.
