Con el fin de prevenir la eventual "contaminación" y garantizar la imparcialidad de los órganos judiciales militares, la Ley Orgánica 9/2003 de 15 de julio modificó la composición numérica de de los tribunales militares establecida en la Ley Orgánica de competencia y organización de la Jurisdicción militar (Ley Orgánica 4/1987 de 15 de julio). De este modo cuando se trate de celebrar juicio oral y dictar sentencia en procedimientos por delito y en los recursos en sus jurisdiccionales en materia disciplinaria la correspondiente Sala se constituye por el Auditor Presidente, un Vocal Togado y un Vocal Militar, en lugar de los cinco miembros que tradicionalmente la constituían, con el fin de que puedan ser distintos de los componentes de la Sala que haya adoptado resoluciones interlocutorias o previas en el mismo procedimiento.
Según tiene dicho en reiteradas ocasiones El Tribunal Constitucional la imparcialidad del juez o tribunal constituye la primera de las garantías básicas del proceso (SSTC 60/1995 de 16 de marzo, 62/1999 de 27 de septiembre, 156/2007 de 2 de julio). La imparcialidad o neutralidad así concebida se presenta en dos dimensiones, la primera se refiere a la ausencia de una relación del juez con las partes que puedan suscitar un previo interés a favorecerlas o perjudicarlas, mientras que la segunda se concreta en asegurar que los jueces y magistrados que intervengan en la resolución de una causa se acerquen a la misma sin prevenciones ni prejuicios que pudieran quizás existir en su ánimo a raíz de una relación o contacto previo con el objeto del proceso (SSTTCC 157/1993 de 6 de mayo, 47/1998 de 2 de marzo).
El Tribunal Europeo de Derechos Humanos tuvo ocasión de pronunciarse en relación con la imparcialidad judicial de los tribunales militares españoles en dos ocasiones: los denominados casos "Castrillo Algar y Perote" que dieron lugar a sendas sentencias de 28 de octubre de 1998 y 25 de julio de 2002 en los que se condenó a España por la vulneración del artículo 6. 1 del Convenio Europeo para la Protección de los Derechos Humanos y Libertades Fundamentales de 4 de noviembre de 1950.
En ambos casos el Tribunal Europeo entendió que si bien no existía ningún elemento susceptible de poner en tela de juicio la imparcialidad personal de los jueces que intervinieron( dimensión subjetiva de la imparcialidad) sin embargo su intervención formando parte del Tribunal que dictó sentencia, habiendo intervenido con anterioridad en actos relacionados con la instrucción del procedimiento resolviendo recursos interlocutorios contra la resoluciones del juez instructor, podría suscitar dudas razonables sobre su imparcialidad, entendida en su vertiente objetiva.
Aún cuando, según reconoce el propio Tribunal Europeo, no se puede establecer una relación, con carácter cerrado, de causas que produzcan la parcialidad objetiva y menos aún es dable apreciar el vulneración de la imparcialidad en los casos de ratificación en segunda instancia de una resolución previa de imputación si la ratificación se fundamenta en que la atribución provisional de la responsabilidad está razonablemente fundada, sin embargo el legislador entendió necesario prevenir la eventual "contaminación" que pudiera derivarse de la estructura orgánica de los tribunales militares prevista en la Ley Orgánica 4/1987 de 15 de julio, cuya composición numérica (un Auditor Presidente, dos Vocales Togados y dos Vocales Militares) llevaba a que, en muchos casos, el Auditor Presidente y los Vocales Togados, que habían adoptado resoluciones interlocutorias o previas en el mismo procedimiento, formaran parte de la Sala encargada de celebrar juicio oral y dictar sentencia en procedimientos por delito y en lo recursos jurisdiccionales en materia disciplinaria militar.
Para ello se procedió a modificar cuatro artículos de la citada Ley Orgánica ( los artículos 39, 41,49 y 51) de modo que la Sala de Justicia de los tribunales militares se constituye, a partir de la reforma operada por la Ley Orgánica 9/2003, de 15 de julio, por El Auditor Presidente un Vocal Togado y un Vocal Militar, es decir por tres miembros en lugar de los cinco iniciales, con el fin de que puedan ser distintos de los componentes de la Sala que en su caso haya adoptado resoluciones interlocutorias o previas en el mismo procedimiento.
Junto con estos preceptos se procedió a adaptar la Ley Procesal Militar (L.O. 2/1989 de 13 de abril) a esta nueva organización reformando los artículos 47, 82, párrafo segundo 92, 97, 252, y 339, párrafo segundo. De este modo se adecuaba, según se dice en el preámbulo de dicha reforma, el funcionamiento de la jurisdicción militar a "ciertas exigencias doctrinales" que por vía de interpretación jurisprudencial, se han ido imponiendo en relación con la imparcialidad judicial.
