El Real Decreto 5/2006, de 13 de enero, de 2006, modificó artículo 3 del Real Decreto 928/1989, de 21 de julio estableciendo de forma excepcional, que para el nombramiento del Presidente de las Confederación Hidrográfica del Guadiana, no sería precisa la condición de funcionario de la persona nombrada.
La justificación de esta excepción se basaba en que las habilidades necesarias que se "derivan del propio régimen de gestión del agua que ha de articular las competencias de naturaleza pública, como son las de administración de los bienes de dominio público hidráulico, debían compatibilizarse con otras donde primase la experiencia de dirección y gestión privadas".
La Federación de Asociaciones de los Cuerpos Superiores de la Administracion Civil del Estado recurrió dicho precepto por considerar que la excepción era injustificada.
En la presente resolución considera el Tribunal Supremo que las competencias que corresponden al Presidente de la Confederación Hidrográfica del Guadiana son las mismas atribuidas a los demás Presidentes de las demás Confederaciones Hidrográficas, y sin embargo el legislador no ha justificado ninguna característica singular que le diferencien del tratamiento general de las demás Confederaciones hidrográficas.